Природњачка збирка је најмлађа збирка музеја, формирана 1995. године. Њен већи део, међутим, чини стара, гимназијска збирка која обухвата хербаријуме, инсектаријуме, препариране животиње, међу којима посебно вредне птице, али и збирку репрезентативних руда и минерала.
Збирка је у периоду од оснивања до данас обогаћена и мноштвом других препарираних животиња.
