Prirodnjačka zbirka je najmlađa zbirka muzeja, formirana 1995. godine. NJen veći deo, međutim, čini stara, gimnazijska zbirka koja obuhvata herbarijume, insektarijume, preparirane životinje, među kojima posebno vredne ptice, ali i zbirku reprezentativnih ruda i minerala.
Zbirka je u periodu od osnivanja do danas obogaćena i mnoštvom drugih prepariranih životinja.
